Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi (disingkat LLDIKTI) akhirnya terbentuk dengan terbitnya Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi  Nomor 15 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi. LLDIKTI merupakan transformasi dari Koordinasi Perguruan Tinggi Swasta (Kopertis) yang dahulu mengkoordinasikan perguruan tinggi swasta di wilayah kerja, LLDIKTI mempunyai tugas membantu peningkatan mutu penyelenggaraan pendidikan tinggi baik perguruan tinggi negeri maupun perguruan tinggi swasta di wilayah kerjanya. 

Peraturan Menteri Riset, Teknologi, dan Pendidikan Tinggi Nomor 15 Tahun 2018 tentang Organisasi dan Tata Kerja Lembaga Layanan Pendidikan Tinggi telah diundangkan pada tanggal 10 April 2018. Peraturan ini sebagai amanah Undang-undang Nomor 12 Tahun 2012 tentang Pendidikan Tinggi. Pembentukan organisasi dan LLDIKTI telah mendapat persetujuan dari Menteri Pendayagunaan Aparatur Negara dan Reformasi Birokrasi berdasarkan surat nomor B/298/M.KT.01/2017 tanggal 24 Mei 2017 dan nomor B/215/ M.KT.01/2018 tanggal 21 Maret 2018. 

LLDIKTI mempunyai tugas melaksanakan fasilitasi mutu penyelenggaraan pendidikan tinggi di wilayah kerjanya. Susunan organisasi LLDIKTI terdiri atas, Kepala, Sekretariat dan Kelompok Tenaga Ahli. Jabatan Kepala merupakan tugas tambahan yang diduduki dosen senior yang berstatus pegawai negeri sipil dari salah satu perguruan tinggi yang mempunyai kualifikasi tertentu, yang ditetapkan oleh Menteri. Sekretariat mempunyai tugas melaksanakan pemberian layanan teknis dan administratif di bidang peningkatan mutu penyelenggaraan pendidikan tinggi di wilayah kerjanya.  Dalam melaksanakan tugasnya, Sekretariat  menyelenggarakan fungsi:

1. Penyusunan rencana, program, kegiatan, dan anggaran LLDIKTI
2. Pengelolaan data dan informasi di bidang kelembagaan, akademik, kemahasiswaan, sumber daya dan sistem informasi perguruan tinggi           
3. Penyiapan fasilitasi dan bimbingan teknis peningkatan mutu kelembagaan, akademik, kemahasiswaan, sumber daya dan sistem informasi perguruan tinggi
4. Koordinasi dan pelaksanaan kerja sama LLDIKTI
5. Pengelolaan keuangan, kepegawaian, dan barang milik Negara,
6. Pelaksanaan urusan hokum, organisasi, ketatalaksanaan, ketattausahaan, kerumahtanggaan dan hubungan masyarakat di lingkungan LLDIKTI
7. Pemantauan dan evaluasi pelaksanaan program dan kegiatan serta penyusunan laporan LLDIKTI.
8. Sekretariat LLDIKTI Wilayah V merupakan LLDIKTI Tipe B wilayah kerja Daerah Istimewa Yogyakarta dengan struktur organisasi: 
   • Bagian Umum;
   • Bagian Kelembagaan dan Sistem Informasi;
   • Bagian Akademik dan Kemahasiswaan, dan Sumber Daya, dan
   • Kelompok Jabatan Fungsional.

Struktur Organisasi
1. Bagian Umum
    1.1. Subbagian Perencanaan dan Penganggaran
    1.2. Subbagian Hukum, Kepegawaian dan  Tatalaksana 
    1.3. Subbagian Tata Usaha dan Barang Milik Negara
2. Bagian Kelembagaan dan Sistem Informasi
   2.1. Subbagian Kelembagaan
   2.2. Subbagian Sistem Informasi dan Kerja Sama
3. Bagian Akademik dan Kemahasiswaan dan Sumber Daya
    3.1. Subbagian Akademik dan Kemahasiswaan
    3.2. Subbagian Sumber Daya